Первоначально охрану морской границы Советской Республики на Балтике на Чудском и Псковском озерах организовал капитан 1 ранга, активный участник Октябрьского переворота Модест Васильевич Иванов. В конце февраля 1921 г. он сформировал для этого Финско-Ладожскую флотилию войск ВЧК
Декретом ВЦИК от 6 февраля 1922 г. ВЧК пришлось реорганизовать в Главное политическое управление (ГПУ) при НКВД, одной из задач которого стала охрана границ. В составе Отдельного пограничного корпуса войск НКВД действовали флотилии: Северная, Финско-Ладожская, Черноморская, Каспийская, Амударьинская, Дальневосточная, а также отряд судов Чудского озера.
Часть бронекатеров ГВТУ служило в Морпогранохране (МПО) НКВД, так канонерские лодки № 308, № 309 и № 311 с 27 октября 1921 г. вошли в состав Погранфлотилии Каспийского моря. А 22 марта 1922 г. катера Сырдарьинский дивизиона вошли в подчинение Каспийской пограничной флотилии, но через три месяца его расформировали, и канлодки № 308, № 309 и № 310 зачислили в Финско-Ладожскую флотилию МПО.
В 1934 г. из Финско-Ладожской флотилии МПО на Амур отправили канлодки № 308 и № 310, которые вошли в состав МПО Дальневосточного пограничного округа НКВД.
Кроме этого, в 30-х гг. XX века, корабельный состав Морпогранохраны НКВД значительно пополнился катерами специальной постройки. Так, Зеленодольский завод построил по заказу НКВД бронекатера так называемых Амурского и Днепровского типов.
Известен состав и дислокация катеров погранотрядов (ПО) Хабаровского округа НКВД на реках Амур и Уссури в навигацию 1944 г.:
1) Дивизион судов 56-го ПО (г. Благовещенск) состоял из восьми боевых катеров: 4 бронекатеров типа 1125 (К-бЗ, К-64, К-65, К-66), 4 катеров «КМ» (К-67, К-68, К-69, К-70) и 32 вспомогательных судов (9 «ЗИС-5», 17 «ГАЗ», 3 посыльных судна и 3 баржи);
2) Дивизион судов 63-го ПО (с. Ленинское) состоял из восьми основных боевых кораблей: 2 «РПК» (К-74, К-75), 2 катеров «ПК» (К-77, К-78), 3 катеров «КМ» (К-71, К-72, К-73), канонерской лодки К-76 и 24 вспомогательных (2 «ЗИС-5», 13 «ГАЗ», 1 посыльное судно);
3) Дивизион судов 70-го ПО (с. Казакевичево) состоял из семи основных боевых кораблей: 2 бронекатеров типа 1124 (К-86, К-89), 2 бронекатеров типа 1125 (К-87. К-88), 2 канонерских лодок ГВТУ (К-308, К-310), катера «КМ» (К-92) и 19 вспомогательных судов (5 «ЗИС-5», И «ГАЗ», 2 посыльных судна и 1 баржа);
4) Дивизион судов 75-го ПО (с. Иннокетьевка) состоял из семи боевых катеров: 6 типа «РПК» (К-93, К-94, К-95, К-96, К-97, К-98), 1 типа «КМ» (К- 99) и 17 вспомогательных (4 «ЗИС-5», 12 «ГАЗ», 1 посыльное судно);
5) Группа судов 76-го ПО (с. Екатерино-Никольское) состоял из 4 боевых катеров типа «РБК» (К-103, К-104, К-105, К-106) и 22 вспомогательных (7 «ЗИС-5», 14 «ГАЗ», 1 посыльное судно);
6) Группа судов 77-го ПО (г. Бикин) состоял из 3 боевых катеров типа «КМ» (К-108, К-109, К-110, К-1 И) и 19 вспомогательных (9 «ЗИС- 5», 10 «ГАЗ»);
7) Группа судов 78-го ПО (с. Кумара) состоял из пяти боевых катеров типа «КМ» (К-84, К-107, К-112, К-113, К 114) и ^вспомогательных (4«ЗИС- 5», 13 «ГАЗ», 2 посыльных судна);
8) на Хабаровский пограничный порт базировались: 2 речных тральщика («Красин», «Сахалинец») и 7 вспомогательных судов (2 «ЗИС-5», 3 посыльных судов, 2 баржи);
9) Дивизион судов 52-го ПО (г. Александровск) состоял из восьми боевых катеров: 6 типа «МО-2», 2 типа «КМ» и 12 вспомогательных (из них 5 «ЗИС-5», 2 «ГАЗ», 1 посыльное судно);
10) Дивизион судов 65-го ПО (г. Александровск) состоял из 7 боевых и 6 вспомогательных катеров.