Начало имперского судостроения на Днепре относится ко второму Азовскому походу Петра Великого в 1696 г. Именно для этого гетман Мазепа начал строить суда в г. Брянске, на р. Десне, впадающей в Днепр.
К весне 1696 г. удалось изготовить 42 струга больших, 46 малых и 45 лодок, а позднее еще 9 судов. Кроме того, в Киеве построили 3 судна. Запорожские казаки также построили около 30 лодок, которым и довелось действовать против турок. Так 1 августа 1696 г. казаки уже вышли в лиман, а на следующий день кошевой Яков Мороз вернулся с морского промысла. В море станичники атаковали 5 турецких галер, шедших к Очакову, но отступили из-за сильного огня турок. Мороз решил вернуться в лиман, однако, встретив у Очакова весь турецкий флот, кошевой уничтожил свои лодки и пробрался к Таванску сушей. Оставшиеся казаки напали на турецкий караван с провиантом и отбили 17 судов.
В 1700 г., после заключением мира с Турцией, Днепровская флотилия прекратила свое существование.
После начала Великой Северной войны в 1708 г., потерпев поражение у Головчина, русская армия Шереметева отступила и перешла на левый берег Днепра у Шклова и Могилева. А в 1709 г. разбитый под Полтавой шведский король Карл XII бежал с предателем Мазепой. В 1724 г., когда Петр I опять начал готовиться к войне с Турцией, шла заготовка леса для 5 прамов и 7 галер. Однако этим и дело закончилось.
Следующий период Днепровских флотилий относится к русско-австрийской войне с турками 1736— 1739 гг., когда с осени 1736 г. в Брянске опять стали спешно строить мостовые плашкоуты для перехода армии Б.А. Миниха через Днепр и Буг. Командовал флотилией контр-адмирал В.А. Дмитриев-Мамонов. Предполагалось построить 355 судов, погрузить на них осадную артиллерию и боеприпасы, и к лету 1737 года поспеть к Очакову.
Но пока строились суда 11 февраля 1737 г. крымский хан Бегли-Гирей во главе 100-тысячного татарского войска, перешел Днепр по льду выше Переволочны и уничтожил небольшой отряд генерала Лесли. Затем татары двинулись к Полтаве, но, встревоженные известием о движении русских войск, переправились обратно за Днепр. В начале апреля того же года 90-тысячная русская армия генерала Миниха собралась у Переволочны. В конце месяца русские войска переправились через реку у Кременчуга и Орлика и двинулись к Очакову. Но недостаток продовольствия и фуража, а также эпидемии заставили русских в конце октября отойти за Днепр.
Трудности плавания по Днепру, особенно на порогах, привели к тому, что из 300 судов, отправленных весной 1737 г. из Брянска, только к концу августа к Очакову пришли первые четыре дубель-шлюпки и один кончебас, но они имели такие повреждениями, что едва могли держаться на воде. Всего до Очакова добралось 76 судов.
Зимой северные ветры и жестокое волнение истребили почти все дубель-шлюпки в лимане. Вместо них начали строить в Брянске небольшие 4-пушечные бригантины, и весной их провели через пороги пустыми, а все снасти везли сухим путем до лимана. Здесь бригантины вооружили и вывели в море; но оказалось, что мореходные качества и этих судов плохие.
Одновременно с бригантинами из рек Самары до Неясыти отправили на барках (в разобранном виде) прамы. Но даже при таких условиях провод тяжелых судов оказался невозможным, прамы собрать не удалось.
В 1738 г. 50-тысячная армия Миниха, собравшись между 15 апреля и 6 мая в 6 км выше Переволочны, переправилась через Днепр и двинулась к Бендерам. Между 13 и 23 сентября она вернулась и, переправившись через Днепр в Киеве и Каневе, расположилась на зимние квартиры.
Вторая неудачная попытка сплава через пороги доказала необходимость строить суда ниже порогов. Для этого вице-адмирал Н.А. Сенявин, назначенный начальником флотилии, выбрал ниже порогов остров Верх- ний-Хортицкий, где Миних заложил Ново-Запорожскую верфь. Здесь и в Брянске были спущены: 1 прам, 40 галер. 30 бригантин, 60 ластовых судов, 20 венецианских ботов и 50 байдаков. Все эти суда оказались слишком малы, немореходны и не годились для выполнения главной цели — боя с турецкими кораблями.
Чума, свирепствовавшая на юге Новороссии и в Очакове, унесла жизни многих моряков. Умер и начальник флотилии, престарелый вице-адмирал Наум Сенявин. После этого командование флотилии вновь поручили А. Дмитриеву-Мамонову. К счастью, летом 1738 г. турецкий флот не показывался. От чумы же умер и А. Дмитриев-Мамонов; на его место был назначен капитан полковничьего ранга Барж. Заключение мира положило конец существованию флотилии.
1 марта 1767 г. корпус генерал-майора Кречетникова, переправившись частями через Днепр, вступил в пределы Польши.
В 1769 г. (война с Турцией и польскими конфедератами) 40-тысячная армия графа Румянцева переправилась 5 мая на левый берег Днепра у Кременчуга и Переволочны и двинулась к южным границам для охраны их против татар. 8 июня запорожцы разбили Очаковскую флотилию турок, состоявшую из 20 морских судов. При этом они, потеряв убитыми 15 казаков, захватили 4 знамени и 15 пушек.
В 1774 г., после новой войны с Турцией, по условиям Кучук-Кайнарджийского мира, Россия приобрела значительное пространство земли между Бугом и Днепром. Здесь, в 1778 г., был основан Херсон как город-порт и судостроительный центр. В мае 1783 г. строится город-крепость Севастополь, который и стал главной базой Черноморского флота.
Начавшаяся в 1787 г. война стала первым боевым испытанием нового 'флота. Само начало военных действий произошло в Днепровском лимане, и Днепровской флотилия очень активно в них участвовала: 21 августа 1787 г. 11 турецких галер атаковали у Кинбурнской косы фрегат «Скорый» и бот «Битюк». Корабли после 3-часового боя отступили к Глубокой пристани, потопив одно турецкое судно. Морскими силами в лимане командовал начальник Черноморского флота, контр-адмирал Н.С. Мордвинов, у которого было 3 корабля, 3 фрегата, 1 бот, 7 галер, 2 плавучие батареи и несколько мелких судов. Между тем стоявший у Очакова под командованием капудан-паши Эски-Гассана турецкий флот состоял из 3 кораблей, 1 фрегата, 1 бомбардирского бота, 14 мелких парусных судов и 15 галер.
К середине октября турки ушли в море. Благодаря храброй защите Кинбурна и действиям Днепровской флотилии, русские моряки не допустили неприятеля к Херсону.
Кампания следующего года имела главной целью взятие Очакова. За зимний период корабли флотилии были отремонтированы и пополнены новыми. Командовали флотом иностранцы, принятые на русскую службу: принц Нассау-Зигену с чином контр-адмирала гребной флотилией и шотландец Поль-Джонс, который командовал эскадрой из 14 парусных судов: Мордвинов же был оставлен в Херсоне заботиться о нуждах флота и наблюдать за ходом его действий. Под начальство Нассау-Зигена поступила флотилия, состоящая из 51 вымпелов (7 галер, 7 дубель-шлюпок, 7 плавучих батарей, 22 военных лодок, 7 палубных ботов, и одного брандера).
Турецкий флот под командованием капудан-паши Эски-Гассана появился на исходе мая 1788 г. у Очакова и состоял из 10 кораблей, 6 фрегатов и 47 галер, канонерских лодок и других мелких судов. Для защиты лимана русская парусная эскадра, среди которой размещались корабли гребной флотилии, стояла в линии от Станиславского мыса до устья Буга. Турецкий адмирал, остановившись у входа в лиман, выслал в него для получения сведений о русском флоте 30 судов гребного флота, которые, заметив дубель-шлюпку, шедшую из Кинбурна к Глубокой пристани, окружили ее и открыли огонь. Командир дубель-шлюпки капитан 2-го ранга Сакен отстреливался от неприятеля до последней возможности и, когда корабль был взят на абордаж, взорвал его, подорвав тем самым и турецкую галеру.
Подвиг Сакена, воодушевивший русских моряков, показал туркам опасность абордажа русских кораблей, даже при огромном превосходстве сил.
Капудан-паша, надеясь до прибытия армии Потемкина истребить Лиманский флот, два раза энергично атаковал линию русских, но все его атаки удалась блистательно отбить. Турки потеряли два корабля (один из них был, самого капитан-паши) и три мелких После второго неудачного нападения турки, пользуясь темнотой ночи, в беспорядке бросились к выходуиз лимана. 18 июля они потеряли 13 судов (6 кораблей, 2 фрегата, 1 бомбардирское судно и 4 мелких). Было убито до 6 000 и взято в плен 1 763 человек. У русских же убитых и раненых насчитывалось только 85 человек.
Не успевшие выйти в море 12 неприятельских судов остались под защитой батарей Очакова. Потемкин, подойдя 1 июля с армией к Очакову, приказал уничтожить эти суда. Нассау-Зиген, несмотря на сильный огонь с крепости, смело атаковал турок и, взяв одно судно в плен, все остальные сжег и потопил. В последних битвах особенным мужеством и распорядительностью отличился грек бригадир Алессиано.
Турецкий флот упорно держался у лимана и только в ноябре ушел в Босфор. Русские же корабли оставались в лимане до самых заморозков и были застигнуты льдом: в это тяжелое время погибли 4 лодки.
Вскоре командование Днепровской флотилией перешло опять к адмиралу Мордвинову, так как Нассау-Зиген и Поль Джонс ушли, не поладив между собой. Благодаря действиям Днепровской флотилии турецкому флоту пришлось уйти от Очакова, и падение крепости стало неминуемо. 6 декабря 1788 г. её взяли после кровопролитного штурма. Захват крепости имел важное значение, так как окончательно утвердил за Россией право обладания Днепровским лиманом и прилегающим к нему краем.
В 1789 г. турки снова появились у лимана, но русского флота не трогали и в начале сентября ушли в море. Поэтому часть кораблей Днепровской флотилии перешла в Севастополь, а часть — на Дунай, где они и находились до заключения мира в 1791 г.
Днепровские флотилии, которые действовали в лимане реки в XVII — XVIII вв. с честью выполнили свою задачу. Благодаря им Россия стала главенствовать на Черном море. С момента присоединения Крыма к России Днепр перестал быть пограничной рекой, но это совсем не означало, что он потерял свое стратегическое значение. С конца XVIII в. начинают строиться каналы, связывающие Днепр с другими водными системами. Днепр стал рекой, по которой стало удобно переправлять военные корабли для службы на границах Империи или в случае войн — к театрам военных действий.