Вооруженные пароходы несколько раз совершали боевые походы по Дону, очищая от большевиков захваченные ими станицы, особенно Цымлянскую и Нижне-Курмоярскую. А паровые шхуны «Христофор» и «Сосиэте» ходили в порты Румынии и Крыма, доставив оттуда 12 152-мм, 4 75-мм пушек Канэ, 100 пулеметов, 9 аэропланов, 500 тысяч винтовочных патронов и 9 тысяч снарядов Для подготовки личного состава Донского флота в городе Таганроге действовал флотский береговой батальон.
По приказу войскового атамана 5 июня 1918 г. речной десантный отряд в составе Каменского полка силою около 2 000 штыков и конной сотни под общим командованием полковника Дубовского на пароходах «Новочеркасск» и «Донец» пошел вверх по Дону. Высадившись с пароходов, казаки быстро очистили от большевиков станицы Каргальскую, Романовскую, а затем помогли Цымлянскому, Нижне-Курмоярскому и Потемкинскому отрядам овладеть всем левым берегом Дона.
В том же время Войско сформировало Донскую броневую железнодорожную бригаду из четырех дивизионов по три бронепоезда в каждом и два отдельных бронепоезда. Следует особо отметить, что часть бронеплощадок Донской армии имела характерное для кораблей линейно-возвышенное расположение артиллерийских башен, а пулеметы устанавливались в бортовых спонсонах. Поэтому Донские бронепоезда имели существенные тактические преимущества при боевых столкновениях с красными. Нужно отметить, что противник по достоинству оценил передовую конструкцию донских бронеплощадок и пытался её копировать. Так, в конце июня 1920 года с территории Ижорского завода вышел бронепоезд «III Интернационал» с аналогичной компоновкой артиллерии, но в отличие от донских бронеплощадок он имел большие габариты по высоте и, соответственно, большую массу.
В Таганроге так же формировалась Азовская флотилия Всевсликого Войска Донского под командованием капитана 2 ранга В.И. Собецкого. На суда ставились 152-, 120- и 75-мм орудия, привезенные из Севастополя.
Кроме того, в этом городе действовало Управление портами Азовского моря (К.Н. Оглоблинский) и Управление морской тяжелой артиллерии (капитан 1 ранга Я.И. Подгорный).
Командовал Таганрогским портом Войска Донского контр-адмирал Степанов. Старший лейтенант Шестаков занимался формированием соединений бронепоездов и танков.
К концу июля 1918 г. Дон освободился от красных почти целиком, и 15 августа в Новочеркасске большой Войсковой Круг утвердил постановление Круга Спасения Дона о выборе атамана Краснова, принял проект Основных Законов, одобрил мероприятия атамана и общее направление его политики по отношению к Германии.
Разлад между Доном и Добровольческой армией начался с мелочей и пустяков, но из-за крайнего самолюбия Деникина вылился в тяжелые формы. Его постоянно раздражала мысль, что Войско Донское поддерживало дружеские отношения с Германией. Генерал Деникин не думал о том, что благодаря этому Добровольческая армия получала оружие и патроны, и офицеры проезжали через Украину на Дон совершенно свободно. Деникин видел в этом только измену союзникам и сторонился атамана.
Командующий Донской армией генерал Денисов, потомок древнего казачьего рода, отличался резким, порывистым нравом. Он был молод и, когда Деникин командовал дивизией, Денисов служил всего лишь капитаном Генерального штаба. Теперь же Денисов на равных разговаривал с Деникиным, и это коробило генерала. Деникин стал добиваться удаления Денисова. Однако пока снабжение Добровольческой армией шло через атамана, являвшегося посредником между Украиной и немцами, Деникину приходилось терпеть.
Казаки Всевеликого войска Донского в конце октября 1918 г. подошли к Царицыну, обложили его с трех сторон и прервали сообщение города с тылом красных. К этому времени у донского атамана на фронте стояла уже 60-тысячная армия, а у Деникина, вместе с кубанцами, насчитывалось только 12 тысяч. Атаман ожидал прибытия тяжелых орудий, которые войско купило в Севастополе у немцев. За корабельными пушками прибыл пароход «Сосиэте», однако белогвардейцы не отдали казакам их кровное имущество, и начались трения.
Командированный за орудиями офицер войска Донского телеграфировал 18 ноября 1918 г. в Новочеркасск: «Адмирал Канин получил приказание генерала Деникина никому покамест ничего не давать». Одновременно с этим капитан 1 ранга Лебедев телеграфировал по поводу тех же пушек: «Генерал Лукомский приказал доставить платформы в Новороссийск, где и будут установлены орудия по доставке их морем из Севастополя. Посылать орудия по железной дороге в Ростов не признано возможным».
Донское командование ответило, что оно и не предполагало отправлять орудия по железной дороге, но за ними послан пароход. Начальник генерального штаба Добровольческой армии генерал Вязьмитинов получил по прямому проводу из Новочеркасска в Екатеринодар телеграмму: «Вопрос серьезный и срочный. На организацию броневых поездов затрачено много энергии и денег, а главное — они страшно нужны на фронтах..». И так далее.
После длительных переговоров и при содействии союзников эти орудия удалось получить только в феврале 1919 г., когда Азовское море уже замерзло. К этому времени белым пришлось спешно отводить войска с Царицынского фронта!
Генерал Деникин считал Добровольческую армию олицетворением единой и неделимой России. Если атаман Краснов и гетман Скоропадс- кий полагали, что в первую очередь следует уничтожить большевизм в России, а затем уже начать её объединение, то Деникин сосредоточил свои усилия на немедленном уничтожении самостоятельности Украины, Дона, Кубани, Грузии, и прочих.
Другим камнем преткновения между войсковым атаманом и генералом Деникиным стало нежелание казаков воевать за пределами Дона.
Капитуляция Германии сильно усложнила положение на Дону. Антанта требовала от казаков признать генерала Деникина Верховным главнокомандующим вооруженными силами Юга России. П.Н. Краснов 26 декабря 1918 г. вынужден был подписать приказ о подчинении Донской армии генералу Деникину. Но, после ухода немцев с Украины, Деникин добился отставки гетмана Скоропадского и генерала Краснова, заявив, что без смены атамана Дон не получит ни подкреплений кубанскими полками, ни материальной помощи от союзников. Атаман Краснов 8 января 1919 г. сложил с себя полномочия атамана Всевеликого войска Донского. 14 февраля Войсковой Круг принял его отставку, и власть перешла к генералу А.П. Богаевскому.
Ранней весной 1919 г. казаки лишились наиболее достойного из своих вождей. При атамане Краснове борьба с большевиками носила характер войны полностью народной, когда казаки отстаивали свои права и гражданское общество с цельным и свободным мировоззрением. После его ухода рядовые защитники Дона хранили тот же народный дух независимости, но последующие правители, приверженцы генерала Деникина, создали в казачьем крае «политический климат» Добрармии.
Речные и морские силы Всевеликого войска Донского к маю 1919 г. подчинялись начальнику Морского Управления при Главнокомандующем Вооруженными силами Юга России.