Правительство Московии поддержало стихийную русскую колонизацию и еще в 1684 г. весь занятый Приамурский край выделило в Албазинское воеводство. Вслед за казаками в городке появились московские воеводы, со стрельцами и промышленниками.
Однако Албаза был подданным китайского императора, который не захотел отказаться от своих владений. Водворение русских на Амуре и вторжения казаков в земли подвластных Китаю народов заставили императора Канси (1661 — 1722 гг.) начать военные действия. Последним предшествовали дипломатические переговоры, которые, однако, не привели к положительным результатам, и 4 июня 1685 г. 15-тыс. китайская армия с 150 орудиями под командованием Лань-Таня обложила Абалзин, гарнизон которого составляли лишь 450 человек с тремя пушками. Штурм Абалзина удалось отбить, но недостаток продовольствия и боевых припасов принудил воеводу Алексея Толбузина капитулировать. 23 июня гарнизон оставил крепость и отступил в Нерчинск.
Часть жителей Албазина китайцы захватили в плен и отправили в Пекин, где они основали колонию и стали первыми миссионерами православия. Соединившись с высланным в подкрепление Албазина казачьим полком обрусевшего шотландца Афанасия Байтона, Толбузин опять вернулся в разоренный китайцами Албалзин и восстановил его укрепления. 7 июля 1686 г. Лань-Тань вновь появился под стенами Абалзина с 8- тысячной армией и 400 орудиями. Осадными работами с большим искусством руководил иезуит Вербье. Гарнизон Албазина численностью 677 человек при восьми орудиях мужественно оборонялся и неоднократно совершал вылазки. В начале осады Толбузин был убит и его заменил Байтон. Из-за недостатка продовольствия среди гарнизона началась цинга и к апрелю 1687 г. численность гарнизона уменьшилась до 82 человек, но Байтон продолжал мужественно оборонять крепость. 6 мая, вследствие начавшихся дипломатических переговоров, китайцы приостановили военные действия, сняли осаду Абалзина и в августе отошли к Айгуну.
Богдыхан, пожелав разрешить спор мирным путем, предложил казачьему гарнизону перейти в подданство Китайской империи. Он предложил более выгодные условия, чем царь московский и часть казаков приняла предложение богдыхана, и к концу осады в Албазине оставалось лишь 20 защитников с Байтоном во главе. После этого русским пришлось оставить Албазин и отступить к Нерчинску. 27 августа 1689 г. русский посол Головин в Нерчинске заключил с китайцами мир.
По Нерчинскому трактату русские вынуждены были оставить весь бассейн Амура. Им пришлось срыть Албазин, а граница с Китаем определялась по течению рек Шилки и Аргуни. В то время это не считалась большой потерей, так как единственную пользу края видели лишь в пушнине.
После того, как городок Албазин снова вошел в пределы Китая, казаки не захотели возвращаться назад в Нерчинск и вместе со священником Максимом Леонтьевым переселились в Пекин. В 1686 г. этих албазинских казаков богдыхан Китая зачислил в лучшую часть маньчжурской гвардии императора — отряд «Знамени с желтой каймой», которым командовал один из принцев маньчжурской династии. Албазинцы укомплектовали сотню и служили со своими командирами. Каждого казака зачислили в высший социальный слой жителей Пекина, выделив ему земельное поместье, дом, денежное содержание и награды. Богдыхан отдал в их распоряжение буддийскую кумирню, которую казаки обратили в храм св. Софии. По крови казаки вскоре стали наполовину маньчжурами. Еще в конце XIX столетия казаки-албазинцы принадлежали к китайской гвардейской аристократии. Но их церковь уже перешла в распоряжение Русской духовной миссии, среди прихожан которой насчитывалось до тысячи албазинцев.
Итак, Московия обязалась впредь не возобновлять попыток утвердиться в Амурском крае. Впервые были установлены и границы между обоими государствами. Однако в продолжение последующих полутораста лет русское правительство неоднократно пыталось занять Амурский край, но каждый раз по недостатку военной силы терпело неудачу.