Совет государственной обороны (СГО) 22 декабря 1906 г. рассмотрел вопросы организации обороны низовьев реки Амур. При этом предполагалось, что речная флотилия для низовьев Амура будет состоять из 10 броненосных канонерских лодок, водоизмещением от 3 500 до 4 000 т, из которых одна половина будет иметь в башнях 305-мм пушки, а другая — 203-мм. Калибр орудий и толщина бронирования устанавливались на основании анализа характеристик кораблей японского и китайского флотов, которые могли войти в устье Амура.
Бронирование борта кораблей в 152 мм, а палубы — 51 мм выбиралось исходя из величены калибра орудий предполагаемого противника, а также из расчета, что дистанция боя будет составлять от 25 — 30 кб.
Для защиты от торпедных атак броненосные канонерские лодки предполагалось оборудовать противоминными переборками и вооружить 120-мм артиллерией. Из таких пушек каждый корабль мог действовать четырьмя стволами по всем направлениям (а на некоторых курсовых углах даже 61.
Чтобы не отлучаться от эскадры за частыми погрузками топлива, дальность плавания лодок предполагался в 2 000 миль. В случае установки вместо паровых машин двигателей внутреннего сгорания величина района плавания могла возрасти до 8 000 миль.
Хотя назначение данных кораблей — плавание в низовьях Амура и его фарватерах, но их мореходность рассчитывалась на возможность выхода в Татарский пролив в любую погоду, а прочность корпуса — исходя из возможности плавания во время ледохода.
Для плавания по обоим фарватерам Татарского пролива и, при благоприятных обстоятельствах, по Амуру до Сунгари, осадка ограничивалась 3,65 м.
Отношение длины к ширине выбирались, исходя из условия обеспечения высокой маневренности, а также скорости хода от 12 до 14 уз. Якорное устройство размещалось на носу и корме, имелись и средства для водолазных работ. Кроме личного состава, жилые помещения позволяли разместить, сроком на 2 — 3 суток, роту десанта.
Были предусмотрены и 4 катера, два из них (скорость хода 20 — 25 уз) предполагалось использовать для разведки и два — для траления мин. На лодках должен быть радиотелеграф.
Некоторые корабельные инженеры и отечественные заводы представили свои проекты.
7 июня 1908 г. СГО утвердил стоимость строительства стоимость десяти броненосных кораблей для Нижне-Амурской флотилии, вместе с базой, — 40 000 000 руб. Все работы планировалось выполнить за 4 года.
9 апреля 1909 г. у морского министра состоялось совещание, окончательно определившее судьбу Нижне-Амурской флотилии, на строительство которой ассигнования получить не удалось. Государственная дума и Госсовет решительно сопротивлялись увеличению расходов даже на строительство линейных кораблей типа «Севастополь». Обуховский завод не мог обеспечить поставку 305-мм пушек для Амурской флотилии. Кроме того, Морское министерство имело большие проблемы с комплектацией кораблей личным составом, на увеличение числа новобранцев так же не давала согласия и Государственная дума. Поэтому Морской генеральный штаб предложил ограничиться организацией минной обороны устья Амура.
Однако в связи с предполагаемой нормализацией отношений с Японией от дальнейшей разработки этих проектов пришлось отказаться. Русско-японское соглашение 1907 г. по общеполитическим вопросам было подписано 30 июля в Петербурге министром иностранных дел России А. П. Извольским и японским послом в России Мотоно.
Обсуждение условий этого соглашения происходило одновременно с переговорами по вопросам торговли, рыболовства и использования маньчжурских железных дорог. Недовольство японских милитаристов условиями Портсмутского договора 1905 г., их стремление к новым захватам создали чрезвычайную напряжённость в отношениях двух стран. В связи с этим переговоры тянулись свыше года (с мая 1906 г.), часто оказываясь под угрозой срыва. Они привлекали к себе пристальное внимание Англии и Франции. Французское правительство задержало даже размещение японского займа на парижской бирже пока в русско-японских переговорах не удалось достигнуть соглашения по важнейшим вопросам Подготовленный текст русско-японского соглашения ещё до подписания был сообщен обеими сторонами правительствам Англии и Франции.
Русско-японское соглашение состояло из гласной конвенции и секретного договора (который опубликовали в России лишь после Октябрьского переворота 1917 г.). Согласно конвенции, русское и японское правительства обязались уважать территориальную целостность друг друга, а также независимость и целостность Китая.
Между тем секретный договор устанавливал раздел Маньчжурии на русскую (северную) и японскую (южную) сферы влияния. Демаркационная линия между Северной и Южной Маньчжурией, установленная дополнительной статьёй договора, начиналась на востоке от русско- корейской границы, проходила через Хунчунь, далее по реке Сунгари до устья реки Нань-цзян (Нонпи), по её притоку Толахэ до пересечения Толахэ с 122-м меридианом восточной долготы. Япония обязывалась не искать для себя или своих подданных «никакой железнодорожной или телеграфной концессии в Маньчжурии к северу от демаркационной линии., и не затруднять ни прямо, ни косвенно всякого рода действия, поддержанные российским правительством, имеющие в виду такого рода концессии в указанном районе» (ст. 1). Россия принимала на себя аналогичные обязательства по отношению к японской сфере влияния.
По статье 2 секретного договора Россия признавала все трактаты, заключённые между Японией и Кореей, и обязывалась не чинить препятствий развитию японо-корейских отношений; России предоставлялось право наибольшего благоприятствования в Корее. В свою очередь Япония по ст. 3 секретного договора признавала во Внешней Монголии наличие специальных интересов России и обязывалась «воздерживаться от всякого вмешательства, способного нанести ущерб этим интересам».
Русско-японское соглашение, заключённое вскоре после франко-японского соглашения и незадолго до англо-русского соглашения 1907 г. об Иране, Афганистане и Тибете, гарантировало Антанте сохранение статуса-кво на Дальнем Востоке и временно избавило Россию от угрозы захвата Японией её дальневосточных владений, а также от проникновения японцев в сферу русских интересов — Северную Маньчжурию и Монголию.