Все воинские части атаманов Забайкальского войска Г. М. Семенова (с его Особым маньчжурским отрядом, созданным в полосе КВЖД), Амурского казачьего войска И. М. Гамова и Уссурийского казачьего войска И.М. Калмыкова, потерпев поражение от красноармейцев, ушли на территорию соседней Маньчжурии.
Уже тогда японское военное командование стало делать ставку на Г.М. Семенова. Очень скоро этого казачьего полковника майор Куроки и японский генеральный консул в Маньчжурии познакомили с влиятельным человеком в высших кругах императорской армии. Им оказался полковник Генерального штаба императорской армии Куросава, будущий начальник японской военной миссии в Чите.
Затем 6 апреля 1918 г. с японских кораблей на берег высадился десантный отряд, захвативший остров Русский с его крепостными укреплениями и артиллерийскими батареями, военными складами и воинскими казармами.
Вооруженная интервенция Антанты на российском Дальнем Востоке началась.
Высадка войск Антанты на юге Приморья послужила сигналом для наступательных действий белых войск. В апреле начал новое наступление на юге Забайкалья атаман Семенов, активизировал свои действия атаман Уссурийского казачьего войска Калмыков.
Казаки Семенова продвигались вдоль железной дороги, нацеливаясь на город Читу. В мае 1918 г. атаман Г.М. Семенов на станции Борзя объявил себя и близких к нему людей кадета С. А. Таскина и генерала И. Ф. Шильникова «Временным Забайкальским правительством».
Но в начале лета 1918 г. Г. М. Семенов потерпел от красных войск поражение в Забайкалье, а части белочехов и казаков атамана И.М. Калмыкова были разгромлены на Уссурийском фронте. Это заставило Антанту усилить свое военное присутствие в Приморье, а американского президента Вудро Вильсона — принять решение о посылке своих экспедиционных войск на российский Дальний Восток для его оккупации.
Вскоре весь Дальний Восток оказался полностью отрезанным от Советской Республики.
1 сентября 1918 г. казачье войско атамана Г. М. Семенова, начавшего наступление от границ Маньчжурии, и чехословаки захватили столицу Забайкалья, город Читу. Вся линия Транссиба от озера Байкал до Владивостока осенью оказалась в руках белых и интервентов, равно как и все города и территория Дальнего Востока.
4 сентября японские войска при поддержке калмыковцев захватили город Хабаровск, а 18 сентября — город Благовещенск. В этих городах японцы захватили корабли и суда Амурской речной военной флотилии (мониторы «Смерч» и «Шквал», канонерские лодки «Бурят», «Монгол» и вспомогательные суда).
Если державы Антанты весьма благосклонно отнеслись к перевороту в Омске и приходу к власти в Белом движении Сибири адмирала А.В. Колчака, вскоре провозгласившим себя Верховным правителем России, то позиция Японии оказалась иной. В Токио предпочли поддерживать на Дальнем Востоке власть казачьих атаманов Г. М. Семенова, И. М. Калмыкова, И. М. Гамова.
Императорское правительство Японии считало, что адмирал А. В. Колчак — «человек Вашингтона» — и его деятельность на посту Верховного правителя России может повредить дальневосточным интересам страны Восходящего Солнца. Именно поэтому Колчака по настоянию японского правительства весной 1918 г. удалили из Правления КВЖД (он руководил в нем военным отделом) и вплоть до октября 1918 г. адмирал оставался не у дел. Причиной устранения бывшего командующего русским Черноморским флотом от «железнодорожных дел» стал его конфликт с атаманом Г.М. Семеновым, за спиной которого стояли японцы.
Встреча адмирала Колчака с Г.М. Семеновым, которого будущий Верховный правитель России вскоре произвел в генеральский чин, состоялась на нейтральной территории — в маньчжурском городе Харбине. Два военных вождя Белого движения разошлись в главном — в роли и месте Японии в событиях Гражданской войны на Дальнем Востоке и в Сибири.
Но недоброжелательное отношение правящих кругов Японии к адмиралу Колчаку продолжалось и дальше. Г. М. Семенов к тому времени вынашивал собственные планы стать Правителем Забайкалья и прилегающих к нему земель, а также восточной части Монголии. Естественно, без помощи Японии атаман в звании полковника сделать многого просто не мог. Поэтому все дальнейшие действия Г. М. Семенова полностью направлялись и контролировались командованием японских экспедиционных сил на Дальнем Востоке и Токио.
В середине ноября Семенов телеграфировал Омскому правительству о нежелании признавать верховную власть адмирала Колчака и предлагал на эту высшую должность в российском Белом движении свои кандидатуры — генералов Деникина, Хорвата или атамана Оренбургского казачьего войска Дутова. Затем Г. М. Семенов прервал телеграфную связь между Омском и Дальним Востоком, а на Забайкальской железной дороге задержал поезда с военными грузами, отправленными Антантой Верховному правителю России для создаваемой колчаковской армии.
К началу февраля 1919 г. казаки захватили на Забайкальской железной дороге все исправные паровозы и 48 поездов с военными грузами держав Антанты, направлявшимися в Омск для колчаковских войск Так, атаман Семенов распорядился задержать железнодорожный состав с американским оружием, потребовав от сопровождавшего эшелон американского офицера выдать ему 15 тысяч винтовок, угрожая в противном случае взять их силой.
Когда генерал Хорват по указанию Колчака распорядился не перевозить по КВЖД грузы для войск Семенова, атаман арестовал начальника отдела военных перевозок этой дороги и силой изъял деньги из читинского банка, его филиала на станции Маньчжурия, а также присвоил продукцию всех золотых приисков Забайкалья. Семенову с рук сошло даже то, что он послал свои отряды в район дислокации экспедиционных войск США, и там казаки за «правонарушения» подвергли публичной порке американских солдат.
Атаман взял себе титул князя Ванского и в феврале 1919 г. созвал съезд феодальной знати бурят, монголов, тибетцев с целью создания монголо- бурятского степного государства под своим правлением. Съезд единодушно утвердил состав правительства семеновской Независимой Монголо-Бурятской республики. После чего князь Семенов-Ванский потребовал от президента США Вудро Вильсона признать существование независимого государства в центре Азии и допустить его представителей на мирную конференцию по Дальнему Востоку.
Однако такой «азиатский» ход Токио не нашел поддержки у держав Антанты, не желавших видеть в самом центре Азии марионеточное государство, во всем послушное стране Восходящего Солнца. Союзникам по Антанте не без труда, но все же удалось уладить конфликт Войскового атамана с Верховным правителем России. Японцы потребовали от адмирала Колчака присвоить Семенову очередное (генеральское) воинское звание и назначить на должность «главного начальника» всех казачьих войск Дальнего Востока — Забайкальского, Амурского и Уссурийского. Верховный правитель России пошел на такое производство в генералы и «главное атаманство».
4 января 1920 г. адмирал Колчак передал генерал-майору Г. М. Семенову всю полноту военной и государственной власти на территории так называемой «Российской восточной окраины». Получив эти полномочия, атаман Г. М. Семенов 8 января создал под своим председательством очередное правительство, но уже Российской восточной окраины.
Присутствие японских экспедиционных войск на дальневосточной земле вызывало неизбежный рост партизанского движения и накала Гражданской войны. Так, в Амурской области интервенты не смогли наладить согласованных боевых действий против красных партизан, которым удалось полностью разрушить систему японских коммуникаций и линий связи в южной части Приамурской области. На линии железной дороги уничтожались мосты и казарменные помещения, спиливались телеграфные столбы. Так отряд «Черный ворон» на участке Екатеринославка — Бочкарево уничтожил десять мостов и разрушил железнодорожную станцию Посдеевку.
Японские войска под ударами Амурской партизанской армии оставляли сельские местности и стягивались к столице Приамурья Благовещенску. 4 февраля 1920 г. город окружили партизанские силы. И японскому командованию, не получившему подкреплений из Приморья, пришлось начать переговоры 23 марта 1920 г. началась эвакуация японских сил, которая закончилась 3 апреля.
Нужно отметить, что военная помощь Белому движению в лице Верховного правителя России адмирала А.В. Колчака делалась державами Антанты далеко не бескорыстно. Газета «Иркутского военно-революционного комитета» в № 15 за 10 февраля 1920 г. сообщала о золотом запасе России, который был захвачен чехословаками в городе Казани и впоследствии передан Всероссийскому правительству А.В. Колчака: «...Затем, таинственным образом золотой эшелон оказался в Иркутске. В самом конце 1919 года войска чехословаков (переименованные в феврале этого года в Чехословацкую армию в России) в условиях начавшейся суровой сибирской зимы заблокировали на Транссибирской железнодорожной магистрали движение эшелонов отступавшей колчаковской армии. 1 января 1920 г. командование Чехословацкой армии (по приказу французского генерала М. Жаннена, представителя Антанты при колчаковском Всероссийском правительстве) взяло у адмирала А.В. Колчака золотой запас России под свою защиту.
Таким образом, Верховный правитель России оказался фактически арестован, а золотой запас Российского государства — «военной добычей» чехословаков. Однако вывезти и Колчака и золото в портовый город Владивосток Чехословацкой армии не удалось. Генерал М. Жаннен приказал командованию белочехов передать золотой эшелон во Владивостоке в руки Японии, а чехословацкий министр иностранных дел Э. Бенеш — доставить его в Прагу.
Поэтому 15 января, для обеспечения беспрепятственного движения эшелонов белочехов к Владивостоку они выдали на станции Иннокенть- евская близ Иркутска бывшего Верховного правителя России адмирала А.В. Колчака представителям новой местной власти — иркутскому Политическому центру. Или, говоря иными словами, белочехи отдали адмирала на расстрел.
Несколько позднее командование чехословаков согласилось оставить в Иркутске золотой запас страны, которую они спешили покинуть. Золотой эшелон состоял из 18 вагонов, в которых находились 5143 ящиков и 1678 мешков с золотом, платиной, серебром, ценными бумагами и прочим. «"Золотой эшелон" был отправлен из Иркутска в обратную сторону под охраной батальона красноармейцев 262-го полка 30-й стрелковой дивизии. Ответственность за доставку эшелона возлагалась на представителя Особого отдела ВЧК при V красной армии А.А. Косухина».
7 февраля на сибирской железнодорожной станции Куйтуи между представителями правительства РСФСР и командованием Чехословацкой армии было подписано перемирие. 2 сентября 1920 г. последний транспорт с чехословацкими солдатами и офицерами покинул Владивосток и взял курс на далекую Европу.
Теперь японское командование больше всего заботило удержание позиций в Забайкальском крае. Япония могли опереться на войска атамана Семенова, своего давнего союзника, и каппелевцев. Так назывались наиболее стойкие в Гражданской войне колчаковские войска, которые под командованием генерал-лейтенанта В. О. Каппеля, главнокомандующего Восточным фронтом, совершили так называемый Сибирский ледовый поход и оказались в Забайкалье. Каппелевцы сохранили свою военную организованность, боеспособность и после смерти генерала.
Японские войска, семеновцы и каппелевцы провели в начале 1920 г. наступательную операцию, в ходе которой им удалось захватить у красных войск Читу, Нерчинск, Сретенск и узловую железнодорожную станцию Карымская. Образовалась знаменитая в истории Гражданской войны в России так называемая «читинская пробка», разделившая «буферную» Дальневосточную Республику (ДВР) со столицей в Верхнеудинске (современный Улан-Удэ) на две части, тем самым еще больше отдалив Приморский край от Советской России
Создание «буферной» Дальневосточной Республики имело свою предысторию. Советское правительство и Центральный Комитет Российской коммунистической партии (большевиков), чтобы избежать военного конфликта с Японией, решили отсрочить восстановление Советской власти на Дальнем Востоке. В Москве решили признать временное демократическое правительство, которое уже установило с Токио межгосударственные отношения, и особенно с командованием японского экспедиционного корпуса на Дальнем Востоке.
Такое решение пришлось принять весной 1920 г., когда Красная Армия буквально по пятам преследовала разгромленные войска Верховного правителя России адмирала А. В. Колчака. Но дальнейшее продвижение Красной Армии было остановлено сразу же за Иркутском, на рубеже озера Байкал — за Верхнеудинском.