6 апреля 1920 г. в городе Верхнеудинске состоялся съезд трудящихся и партизан, объявивший себя Учредительным собранием и принявший декларацию об образовании Дальневосточной республики (ДВР) в составе: Забайкальской. Приморской, Сахалинской, Камчатской областей и полосы отчуждения КВЖД. Съезд избрал Временное правительство ДВР, которое 14 апреля того же года, для того чтобы избежать войны с Японией, пришлось официально признать Председателю ВЦИК Российской Федерации В.И. Ленину.
Во время японской интервенции Амурская флотилия фактически перешла в руки японцев. При уходе из Хабаровска они разграбили базу в Осиповском затоне и увели ряд кораблей и судов. После разгрома интервентов и белогвардейцев на Дальнем Востоке началось восстановление кораблей Амурской флотилии. 31 января 1921 г. моряки срочно приступили к работам по демонтажу орудий с башенной лодки «Смерч» и установки их на «Шторм» и «Ураган». В середине мая прибыла первая партия артиллерии и боеприпасов из Владивостока, и к этому времени закончилась перестановка башенных столов на лодках и демонтаж их брони.
Весной 1921 г. удалось ввести в строй канонерские лодки «Шторм» и «Ураган», летом — переоборудованные в плавбатареи «Вьюгу» и «Тайфун». Из-за отсутствия штатных орудий, башни снимали, а на их место устанавливали палубные артиллерийские установки, которых тоже не хватало. При восстановлении, например, «Свердлова» (так с апреля 1922 г. стала называться «Вьюга») пришлось ставить на специальные площадки захваченные у колчаковцев 152-мм английские корабельные орудия, имевшие сильный износ стволов, а также размещать большой запас снарядов, что давало возможность отрабатывать практические стрельбы.
В 1922 г. был поднят вопрос о модернизации канонерских лодок Амурской флотилии. Предполагалось заменить 120-мм орудия более современными 130-мм и, учитывая возросшую угрозу со стороны авиации, установить на бортовых башнях 76-мм зенитные орудия системы Лендера, обновить приборы управления огнем и дальномеры. Однако из-за отсутствия средств эти работы пришлось отложить.
В кампанию этого года правительству ДВР удалось частично привести флотилию в боеспособное состояние. Так, на вооружении «Шторма» стояли 4 120-мм/50 калибра пушки Виккерса (три затвора к ним удалось получить из Владивостока) и 1 пулемет Максима. А «Ураган» имел 6 120-мм/50 калибра пушек и 1 японский пулемет Гочкиса На кораблях работали только по два дизеля.
Кроме этого летом 1921 г. предполагалось вооружить плавучие батареи «Вюга», «Вихрь» и «Тайфун», буксируемые вооруженными пароходами. При этом на «Тайфун» хотели установить 2 152-мм, 2 37-мм пушки и 4 пулемета. На «Вихрь» и «Смерч» предполагалось поставить по одной 254-мм, 2 37-мм пушке и по 4 пулемета.
В 1922 г. на кораблях «Ленин», «Троцкий» и «Свердлов» работали по два дизеля.
В ноябре 1922 г. ДВР была ликвидирована и советская власть установилась на всей территории России.